Формат набору має ряд переваг:
Назва інфекції | Кат. № |
NeoGene DNA PCR-test Chlamydia spp. | NeoGene Chl. |
NeoGene DNA PCR-test Chlamydia trachomatis | NeoGene Ctr |
NeoGene DNA PCR-test Ureaplasma (parvum+ urealytic.) | NeoGene Ure. |
NeoGene DNA PCR-test Mycoplasma hominis | NeoGene Mho. |
NeoGene DNA PCR-test Human herpes virus 7 type | NeoGene HHV 7 |
NeoGene DNA PCR-test Human cytomegalovirus | NeoGene HCMV |
NeoGene DNA PCR-test Epstein-Barr virus | NeoGene EBV |
NeoGene DNA PCR-test Human herpes virus 6 type | NeoGene HHV 6 |
1. Відібрати відповідну до кількості аналізованих зразків (N), кількість пробірок для ПЛР та дві додаткові (контрольна ДНК HHV-7) та негативий контроль (деіонізована вода або розчинник нуклеїнових кислот).
2. Промаркувати пробірки відповідно до аналізованих зразків.
3. Розставити пробірки у штатив та додати 10 мкл розчинника.
4. При використанні ампліфікаторів без нагріву кришки поверх суміші накапати по 1 краплі мінерального масла для ПЛР.
5. На цьому етапі усі вихідні реагенти (решта пробірок для ПЛР, розчин №1, масло) потрібно перемістити у холодильник з метою уникнення можливої контамінації.
6. У кожну пробірку, відповідно до нумерації, додати 10 мкл (0,1-0,5 мкг) відповідної проби ДНК, у пробірку негативного контролю додати 5 мкл деіонізованої води. (Об’єм внесеного зразка ДНК залежить від біологічного матеріалу та способу виділення та очистки ДНК.
7. Провести ампліфікацію ДНК використовуючи наступну програму в точному режимі термоциклера (об’єм – 20 мкл.)
Номер циклу | Температура | Час | К-ть циклів |
1 | 96°C | 4 хв | 1 |
2 | 96оС | 20 с | 35 |
52-58оС* | 20 с | ||
72°С | 20 с | ||
3 | 72°С | 2хв | 1 |
*в залежності від моделі апмпліфікатора, рекомендується оптимізувати температуру відпалу в межах ±20С.
Для перевірки наявності та специфічності продуктів після ПЛР електрофорез провести у 2% агарозному гелі, приготованому на 1хТБЕ буфері.
8. У лунки вносити 10 мкл ПЛР продукту. Електрофорез проводити протягом 30 хвилин при напрузі 100 V та сканувати електрофореграму на ультрафіолетовому трансілюмінаторі.
9. Провести аналіз продуктів реакції. При наявності у зразках ДНК інфекційного агента синтезується фрагмент, вказаний у таблиці відповідно назві агента та фрагмент внутрішнього контролю, а в негативному контролі – відсутні фрагменти ДНК. При відсутності в зразку ДНК інфекційного агента синтезується лише один фрагмент внутрішнього контролю.
Найменування збудника |
T0 відпалу |
Довжина ПЛР-продукту |
Довжина внутрішнього контролю |
|
Human herpes virus 7 type |
HHV 7 |
52оС |
136 |
360 |
Chlamydia trachomatis |
Ctr |
58оС |
500 |
360 |
Ureaplasma (parvum+ urealytic.) |
Ure. |
52оС |
430 |
360 |
Mycoplasma hominis |
Mho. |
56оС |
589 |
360 |
Human cytomegalovirus |
HCMV |
60оС |
100 |
360 |
Epstein-Barr virus |
EBV |
59оС |
253 |
360 |
Human herpes virus 6 type |
HHV 6 |
58оС |
224 |
360 |
Human papillomavirus, high risk |
HPV h.r. |
58оС |
450 |
360 |
10. Умови зберігання набору. Всі компоненти набору можна транспортувати при температурі від -20 до +15°С. Гарантійний термін зберігання набору при температурі 2-8°С шість місяців з дня виготовлення.